El latín era uno de los idiomas más usados durante la Edad Media, en aquella época los monjes eran los únicos que sabían leer y escribir, por lo que la mayor parte de la cultura antigua se transmitió a través de la labor de los copistas. 

A medida que el latín evolucionaba, empezaron a surgir las lenguas románticas, entre ellas el castellano, el francés o el italiano, dando paso al sonido nasal que identificamos como "eñe", es decir el aire debía salir por la nariz (palatal), al pronunciarlo el dorso de la lengua se apoya contra el paladar.

Al no existir en el alfabeto latino, los escribas tuvieron que inventar formas de reproducir ese sonido en los textos de las lenguas romances; fue a partir del siglo IX cuando los copistas empezaron a descubrir formas de escribir ese sonido.

De allí que el español y el gallego optaron por la ñ de España, pero cada lengua romántica adoptó su propia solución gráfica para el sonido palatal nasal; así el italiano y el francés se quedaron con la gn (Espagne, Spagna), el portugués con la nh de Espanha y el catalán con la ny como Espanya.

Los escribas que optaban por usar la doble ene o ene geminada empezaron a abreviar esta forma, dejando una sola ene y poniendo una vírgula encima, es decir el sombrerito tan característico de la ñ.

En 1991, la entonces Comunidad Económica Europea propuso comercializar teclados sin la letra ñ, una iniciativa rechazada por políticos e intelectuales hispanohablantes, entre ellos Gabriel García Márquez.