Fue denunciado en marzo de 2015 a través de la publicación de un artículo en el diario Folha da Manhã por su excolega Demóstenes Torres de recibir dinero de Carlos Augusto de Almeida Ramos o mejor conocido como Carlinhos Cachoeira, en las campañas electorales a diputados de 2002, 2006 y 2010.
Fue sospechoso de eludir la ley mediante la contratación de una empresa sin licitación pública para la instalación, operación y mantenimiento de radares cuando era alcalde de Florianópolis, capital de Santa Catarina, refirió el sitio web Cartamaior.
También se vió involucrado en el caso de corrupción de Petrobras y su nombre apareció en la lista de los personajes a los que el Supremo Tribunal Federal autorizó abrir una investigación por el caso en 2015. Él negó los cargos.
Fue citado por las acusaciones del exdirector de Petrobras, Paulo Roberto Costa, de haber recibido más de cinco millones de dólares cuando era secretario del gobernador Eduardo Campos. También se le investiga por delitos a la Ley de Licitaciones, malversación de fondos, corrupción pasiva y blanqueo de dinero.
Fue denunciado por supuestas negociaciones para recibir dinero en efectivo para la campaña del Senado en 2010. De acuerdo al Ministerio Público de Brasil hay pruebas de que pudo haber cometido el delito de soborno o falsificación electoral y lavado de dinero. A él también lo investiga el Tribunal Supremo por recibir sobornos de más de 140 mil dólares en el caso de Lava Jato, reseñó el sitio web Cartamaior.
Apareció en la lista de los involucrados en el caso Petrobras aunque negó haber recibido ilegalmente unos 339 mil dólares del cambista ilegal Alberto Youssef. Fue gobernador del estado de Minas Gerais, mano derecha de Aécio Neves quien disputó a Rousseff la presidencia en 2014.
Fue removido de su cargo como gobernador del estado de Paraíba por el Tribunal Supremo Electoral en febrero de 2009, por los cargos de abuso de poder económico y político. Se revelaron transacciones financieras atípicas realizadas por el senador entre agosto y marzo de 2009.
En noviembre de 2013 enfrentó acusaciones de narcotráfico, luego de que la Policía Federal de Espíritu Santo capturó un helicóptero con una carga de 445 kilogramos de pasta base de cocaína. Las autoridades demostraron que el piloto de la nave era su hijo, el senador Gustavo Perella, sin embargo, descartaron la participación de la familia del senador en el tráfico de sustancias estupefacientes. El helicóptero pertenecía a la empresa agropecuaria Limeira, propiedad de una familia cercana al excandidato presidencial Aécio Nieves.