En los primeros barcos portugueses que llegaron a Japón en 1543, arribaron a la nación asiática los primeros sacerdotes, quienes por realizar sus actividades misioneras fueron sometidos a persecuciones, castigos y prohibiciones.
En 1869 y 1873 cerca de cuatro mil habitantes de la población de Urakami (norte de Nagasaki) fueron desterrados por su creencia, y una quinta parte de ellos murieron en arduas travesías. Dos años después, los supervivientes regresaron a su pueblo, compraron las tierras donde muchos habían sido interrogados de forma humillante, y comenzaron a construir su propia iglesia.
El templo creado con el estilo neorrománico (común en la iglesias del siglo XIX), estuvo listo en 1925 y pasó a ser la catedral más grande de Asia Oriental.
La iglesia fue bautizada como Catedral de Santa María, sin embargo, se le conoce como la Catedral de Urakami.
Veinte años después, el lugar donde los feligreses profesaban su fe quedó completamente destruido pues a 500 metros del templo cayó la bomba atómica lanzada por Estados Unidos sobre Nagasaki.
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Años después los cristianos decidieron volver a levantar la catedral, y con esta iniciativa se vieron obligados a emprender una nueva lucha pues el Gobierno japonés quería preservar las ruinas como símbolo del terror atómico. Finalmente en 1959 lograron construir una réplica del templo, y en 1980 se remodeló hasta quedar exactamente igual a la original.
En los accesos al templo actualmente se encuentran algunas estatuas de la catedral original, tal como quedaron luego de la explosión. Otros restos de la iglesia pueden verse en el cercano Parque de la Paz, el Museo de la Bomba atómica de Nagasaki, e incluso hay una estatua en la sede de las Naciones Unidas.
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